Masjid ini awalnya terletak di Desa Loyok, sekitar 5 km di sebelah timur Kotaraja. Kemudian, masjid ini dipindahkan ke Kotaraja oleh keturunan Raja Langko yang dikenal sebagai Sutanegara dan Ling Negara pada tahun 1111 H. Menurut penduduk setempat, Sutanegara dan Ling Negara adalah pendiri Desa Kotaraja sekaligus leluhur desa tersebut.
Masjid Raudhatul Muttaqim merupakan warisan budaya bagi tiga provinsi di Indonesia, yaitu Bali, NTB, dan NTT. Air di masjid ini bersumber dari mata air Batu. Setelah beberapa kali direnovasi, renovasi terakhir dilakukan pada tahun 2010 dengan pembangunan tiga menara masjid.
